- Madame Bovary (1857)
- Salammbô (1862)
- L'Éducation sentimentale (1869)
- La Tentation de saint Antoine (1874)
- Trois contes : Un cœur simple, La Légende de Saint Julien l’Hospitalier, Hérodias (1877)
- Bouvard et Pécuchet (1881), inachevé
- Lettres à la municipalité de Rouen (1872)
- Le candidat (1874), vaudeville
- Le Château des cœurs (1880)
- Mémoires d’un fou (1838)
- A bord de la Cange (1904)
- Par les champs et les grèves (1910)
- Dictionnaire des idées reçues (1913)